أثار مفهوم تقرير المصير جدلاً متصاعداً منذ نشأته حول مدى تعارضه مع مبادئ السيادة والسلامة الإقليمية للدول ووحدة أقاليمها، خاصة بعد اكتمال موجة التحرر من الاستعمار عقب الحرب العالمية الثانية وتصاعد توظيف المفهوم من جانب الحركات الانفصالية، واعتباره ذريعة للتدخلات الخارجية وتهديد وحدة واستقرار الدول.