إن عمل المحكمة الجنائية الدولية وتطبيق بنود "اتفاق روما" تعترضه العديد من الإشكالات والصعوبات القانونية والعملية فيما يتعلق بصعوبة إخضاع الدول غير الأعضاء للاختصاص النوعي والشخصي والمكاني.

تُعتبر المحكمة الجنائية الدولية محكمة مستقلة يتحقق فيها الاختصاص في ملاحقة بعض الجرائم بعينها، والتي حددتها المادة 5 من النظام الأساسي للمحكمة في جرائم الإبادة الجماعية، والجرائم ضد الإنسانية، وجرائم الحرب، وجريمة العدوان.